Yalnız bir lise öğrencisine, uluslararası suikastlar gerçekleştirmekle görevlendirilmiş modern bir ninja olarak hayatının yarı zamanlı işi verilir.
İkinci Dünya Savaşı’ndan sonra Japonya’daki Müttefik Komutanlığı, Pasifik bölgesindeki terörizm ve şiddeti yönetmeye yardımcı olmak için yeni bir ajans geliştirdi. Bu teşkilatta ninjalar görev alıyordu ve başlangıçta iç işleri yürütmekle görevlendirilmişlerdi. Zamanla bu program bugünkü halini aldı ve 20,000 ninja çeşitli iç ve dış meseleleri yönetir hale geldi. Bu ninjalardan biri de Kudo’dur. On yedi yaşındaki liseli ezik şimdi Tokyo’yu istila eden yabancı suikastçıların potansiyel artışına karşı bir sonraki savunma hattı olmaya hazırlanıyor.
