21. yüzyılın şafağında, uzun zamandır folklor ve peri masallarından ibaret olduğu düşünülen sihir, sistematik bir teknoloji haline gelmiş ve teknik bir beceri olarak öğretilmektedir. Sihirbazlar için bir kurum olan First High School’da öğrenciler giriş sınavı puanlarına göre iki gruba ayrılır: Yüksek puan alan “Blooms” Birinci Kursa atanırken, “Weeds” İkinci Kursa atanan yedek öğrencilerdir.
Mahouka Koukou no Rettousei, Birinci Lise’ye kaydolan Tatsuya ve Miyuki Shiba kardeşleri takip eder. Sınava girdikten sonra, Miyuki Birinci Kur’a yerleştirilirken, Tatsuya İkinci Kur’a düşer. Pratik test puanları ve “Ot” statüsü onun sihirsel açıdan beceriksiz olduğunu gösterse de, olağanüstü teknik bilgiye, fiziksel dövüş yeteneklerine ve benzersiz sihir tekniklerine sahiptir; bu da Tatsuya’yı sihirli bir lisede düzensiz hale getirir.
